[zeke]

hast du mal diesen Kupplungstest gemacht? Im Stand den 2. Gang einlegen, Handbremse anziehen, Kupplung kommen lassen. Der Motor sollte dann bei Erreichen des Schleifpunkts abwürgen.
Ich habe auch ein Geräusch beim auskuppeln, eher ein metallisches Scheppern bei Erreichen des Schleifpunkts. Soll wohl am Ausrückelager liegen, ist wohl ein bekannter Serienfehler bei Mini
Ein Knacken aus dem Motorraum wie bei dir hört sich eher nach einem undichten Motorlager an, schau doch mal links außen nach dieser Blechdose, ob die Öl ausschwitzt. Ist auch einer dieser bekannten Serienfehler...