[chevini]

... - Dichtung der Fahrertüre in der oberen Ecke (siehe Foto), wobei ich mir nicht sicher bin, ob da das Wasser einen Weg bis nach "tief-hinten-unten" findet. Habe diese dann etwas mit dem Fön bearbeitet und versucht in Form zu bringen - wird aber Asap gegen eine Neue getauscht, weil bin nicht 100% zufrieden damit.

Ich habe gerade mal auf die Schnelle im Halbdunkel nachgesehen, wie die Ecke bei meinem Clubman aussieht. Die Dichtung geht senkrecht bis oben und knickt dann im 90°-Winkel in die Waagerechte ab. Ich vermute, dass die Dichtung nach vorne verrutscht ist. Deshalb ist die Ecke gerundet ("zu kurz"). Eingelaufen sein kann sie nicht. Du müsstest sie am Dach bis zur A-Säule und an der A-Säule nach unten bis zur Fußraumecke komplett abziehen und dann wieder (etwas gezogen/gedehnt) aufstecken, damit genug Material für die rechtwinklige Ecke an der B-Säule vorhanden ist.
Solange aber die Dichtung an der Scheibe anliegt, dürfte es dicht sein. Die Form ist eigentlich unwichtig, auch wenn die Rundung nicht der Hingucker ist!
Ich glaube nicht, dass von dort Wasser bis in die Reserveradmulde kommt. Wenn, dann dürfte es "nur" im Fußraum hinter dem Fahrersitz bleiben.

- Dichtung C-Säule wie schon am Anfang von einem MINI-Kollegen auch erwähnt. Diese hatte eine komische Wellenform angenommen und lag somit nicht mehr "bündig" an der Karosserie an. Also auch mit Fön und etwas Gummikleber soweit es mir möglich war, unter die Beltline hinweg, über 2 Tage hinweg in Form gebracht (siehe Foto - nicht schön, aber...).

Bei meinem ist dort die Endkappe der Beltline ein Stück heraus gerutscht, wie ich gerade entdeckt habe. Das werde ich mir morgen mal etwas genauer ansehen!

... - habe aber die Massnahmen mit dem Papier soweit vorerst gelassen, weil ich 100% sicher sein möchte. ...

Ich würde es solange lassen, bis Du die Ursache gefunden hast bzw. über einen langen Zeitraum keine Feuchtigkeit mehr aufgetreten ist.
Ich kann mir durchaus vorstellen, dass das Wasser im Stand herein läuft und nicht zwingend beim Fahren!

PS Special Dank an @ chevini für alle weiteren Tipps ...